Kepengurusan Majelis Al-Muwasholah terbagi menjadi dua:
Majelis Al-Muwasholah Pusat
Majelis Al-Muwasholah Daerah
Kepengurusan Majelis Al-Muwasholah Pusat terdiri dari:
1) Khadimul Majelis
2) Koordinator Umum
3) Dewan Syuro Pusat yang mengawasi Majelis Al-Muwasholah Daerah
4) Sekretariat Majelis Al-Muwasholah Pusat
Kepengurusan Majelis Al-Muwasholah Daerah terdiri dari:
1) Dewan Syuro Daerah
2) Koordinator Umum Daerah
3) Para Koordinator Departemen, yaitu:
1. Tarbiyah dan Ta’lim
2. I’lam (Infokom)
3. Terjemah dan Penerbitan
4. Al–‘Alaqot (Hubungan antar Lembaga / Humas)
5. Sekretariat dan Bendahara
6. Pemuda dan Wanita
7. Dauroh dan Multaqo
8. Al-Khurujat
Setiap departemen ini mempunyai Koordinator dan anggota.
1. Tarbiyah dan Ta’lim
2. I’lam (Infokom)
3. Terjemah dan Penerbitan
4. Al–‘Alaqot (Hubungan antar Lembaga / Humas)
5. Sekretariat dan Bendahara
6. Pemuda dan Wanita
7. Dauroh dan Multaqo
8. Al-Khurujat